Cơ cấu tổ chức của hệ phái được ghi rõ trong Điều lệ, còn gọi là Môn quy: Chưởng môn là người lãnh đạo tinh thần. Một Ban chấp hành, đứng đầu là Trưởng tràng, thay mặt Chưởng môn điều hành Hệ phái. Dưới Ban chấp hành là các phân đường lớn, và phân đường chi nhánh các tỉnh, thành, ngành. Dưới phân đường tỉnh, thành, ngành là các võ đường hoặc câu lạc bộ cơ sở. Hệ phái là một tổ chức truyền thống hoạt động trên nền tảng Võ đạo Karate, Luật pháp quốc gia, và theo định hướng của ngành Thể dục Thể thao.

Chưởng môn

Sau khi Chưởng môn Suzuki Choji qua đời năm 1995, con trai trưởng của thầy là Võ sư Suzuki Tokuo đăng quang Chưởng môn đời thứ II, cuối năm 1995.

Trưởng tràng

Trong Hệ phái, Trưởng tràng là chức danh mang tính truyền thống. Là người chịu trách nhiệm trực tiếp với Chưởng môn, là người phụ trách điều hành mọi hoạt động của Hệ phái. Trước 1995 và sau 2006, Trưởng tràng do Chưởng môn chỉ định. Từ 1995 đến 2006, Trưởng tràng do Đại hội Hệ phái bầu, được Chưởng môn xét duyệt và ra Quyết định bổ nhiệm.

Qua gần 50 năm hình thành và phát triển, Hệ phái có tất cả 15 đời Trưởng tràng theo thứ tự: Nguyễn Nhuận (1966), Khương Công Thêm (1967), Võ Đại Vạn (1968-1969) Nguyễn Xuân Dũng (1969 - 1970), Hạ Quốc Huy (1970), Trần Đình Tùng (1971), Hoàng Như Bôn (1972), Nguyễn Bá Kiều (1973), Lê Văn Thạnh (1973 - 1986), Ngô Văn Thanh (1986 - 1987), Lê Văn Thạnh (1987 - 1989), Hoàng Như Bôn (1989 - 1990), Khương Công Thêm (1990 - 1994), Nguyễn Văn Dũng (1995 - 2006), Lê Văn Thạnh (2006 - nay).

Các chi phái và phân đường

Hệ phái Suzucho Karate-Do hiện có hơn 40 phân đường chi nhánh ở các tỉnh, thành, ngành trong nước và 10 phân đường chi nhánh ở nước ngoài, với khoảng hơn 30.000 môn sinh thường xuyên tập luyện. Nhiều người trong số đó là những huấn luyện viên, trọng tài lão luyện của làng Karate-Do Việt Nam như võ sư Đoàn Đình Long, Lê Công, Lê Văn Thạnh. Nhiều người trong số đó là những vận động viên xuất sắc như Phạm Hồng Hà, Nguyễn Anh Tuấn, Trần Văn Thông, Vũ Quốc Huy, Hà Thị Kiều Trang, Vũ Thị Kim Anh Vũ Nguyệt Ánh.

Cũng như cây đại thụ có nhiều cành, nhiều nhánh, Hệ phái Suzucho Karate-Do phát triển rộng khắp, đã hình thành 03 chi phái và nhiều phân đường lớn.

Ba Chi phái

• Phái Minh Đạo (1966, tại Huế), của Võ sư Nguyễn Nhuận.
• Phái Cương Nhu (1966, tại Huế) của Võ sư Ngô Đồng.
• Phái Quyền Đạo Việt Nam (1982, tại Mỹ), của Võ sư Hạ Quốc Huy.

Các Phân đường lớn

Mỗi Phân đường đều có sắc thái riêng mang đậm nét tính cách, nhân cách, quan điểm, quan niệm, sở trường, sở đoản, nghề nghiệp, vị trí xã hội... của vị Trưởng phân đường:

1. Phân đường Bodankumi (Huế), của Võ sư Lê Văn Thạnh (Huyền đai Đệ Cửu đẳng).
2. Phân đường Sakura, của Võ sư Ngô Văn Thanh (Huyền đai Đệ Thất đẳng).
3. Phân đường Nghĩa Dũng (Huế), của Võ sư Nguyễn Văn Dũng (Huyền đai Đệ Bát đẳng).
4. Phân đường Nhân Trí Dũng, của Võ sư Hoàng Như Bôn (Huyền đai Đệ Bát đẳng).
5. Phân đường Fuji (Nha Trang) của Võ sư Nguyễn Tấn Kiệt (Huyền đai Đệ Bát đẳng).
6. Phân đường Choju (Đồng Nai), của Võ sư Trương Đình Hùng (Võ sư) (Huyền đai Đệ Bát đẳng).